القصة

تبدأ القصة في أول حلقة بظهور شخصية شينتشي كودو يبلغ17 عامًا، طالب في المدرسة الثانوية ومتحري يساعد الشرطة في حل بعض القضايا مشهور بذكاءه وعبقريته. و في يوم من أيام العطلة خرج إلى مدينة الملاهي، وحدثت جريمة قتل داخل عربة الموت وحلها كالعادة بذكاء، وبينما كانوا هناك لمح رأى شينتشي كودو رجل ذو ملابس سوداء يقوم بعملية ابتزاز. فأراد معرفة ما يجري، وعندما كان مشغول بماراقبة ما يجري لم ينتبه أنه كان هنالك رجلاً خلفه فضربه من الخلف وسقط مغمياً عليه، ومن ثم أُجبر على تناول عقار جديد لم يستخدم إلا على الفئران وظن الرجل ذو الملابس السوداء أنه سيقتله ولن يترك فيه أثر للتسمم لكن العقار تسبب في تقلص جسمه ليصبح فتى في السابعة وفي تلك الحادثة في مدينة الملاهي هي بداية ولادة كونان وتغير حياة شينشي كودو. وعندما كان في منزل صديقه الدكتور أغاسا دخلت صديقته ران موري لتسأل عن سينشي، فسألت كونان عن اسمه فأجابها بـ كونان إيدوجاوا وسبب اختياره للاسم لأن شينشي كان يحب شخصية شارلوك هولمز لمؤلفه كونان دويل.
قرر كونان أن يعيش مع ران في منزل أبيها الذي يعمل متحريا ليتسنى له معرفة المزيد عن هذه المنظمة. فدخل مدرسة تيتان الابتدائية وأصبح عضوًا في فريق المحققين الصغار. صنع كونان العديد من الصداقات مع المتحرين أمثاله منهم هيجي هاتوري.
لاحقًا، تظهر شخصية جديدة, وهي شيهو ميانو ولقبت هايبارا وهي باحثة كيميائية وعضوة سابقة مع المنظمة السوداء -هي التي قامت بتطوير العقار APTX-4869 والذي تسبب في تقلص شينشي- ولكنها تمردت على المنظمة بسبب قتل المنظمة لأختها أكيمي ميانو. ومن ثم تتوالى الأحداث ويصبح كونان في صف الـ FBI بعد أن ساعد العميلة جودي سانتيمليون في البحث عن المنظمة وفي تخليصها من فخ عضوة المنظمة السوداء بلموت. فمسكوا واحدة من أفراد المنظمة السوداء اسمها ميزوناشي رينا ولقبها كير، لكن تبين لهم انها عميلة الـ CIA. فتعقد اتفاقا بان تزود الـ FBI بالمعلومات في المقابل مساعدتها مرة أخرى في دخول المنظمة وحماية أخيها الصغير هوندو إيسوكي من خطر المنظمة بمحاولة وضعه تحت برنامج حماية الشهود.